名古屋大学最早起源于1871年在旧名古屋藩的评定所遗址以及名古屋町奉行所遗址上开设的预备医院和预备医学校。其后几经变迁，于1920年成立爱知医科大学，1931年交归国管成为名古屋医科大学。1939年，在名古屋医科大学的基础上成立了名古屋帝国大学，拥有医学部和理工学部。
1942年，理工学部分离为理学部和工学部。1947年，改名为名古屋大学。其后经过学校制度改革，旧制名古屋大学、附属医学专门部、第八高等学校、名古屋经济专门学校、冈崎高等师范学校等合并为新制名古屋大学，当时拥有文学部、教育学部、法经学部、理学部、医学部、工学部的6个学部。1950年 法学部和经济学部分离，1951年设置了农学部，名古屋大学的学部增至8个，迈上了综合大学的发展之路。
1993年，伴随着教养部的解体等大规模教育改革，在新时代需求下设立了信息文化学部，导入了学部4年整体教育(医学部医学科为6年整体教育)。同时，通过战后的学校制度改革，1953年起设置了修士课程2年、博士课程3年的新制大学院，文学、教育学、法学、经济学、理学、工学的6个研究科开始发展。之后，又设置了医学和农学的研究科，当时的8个学部都分别拥有了进行研究生以上教育的大学院。
随后，1991年开设了国际开发研究科、1992年开设了人间信息学研究科、1995年开设了多元数理科学研究科、1998年开设了国际言语文化研究科、 2001年开设了环境学研究科、2003年开设了信息科学研究科(并废止了人间信息学研究科)等不含学部的独立研究科，促使名古屋大学的大学院研究科共达13所。
此外，学校内还开设了3个附属研究所、2个全国共同利用设施、16个校内共同教育研究设施等。2004年开始，成为国立大学法人的名古屋大学在新的设置运营机制下迈出了新的一步。
所设学部
文学部：哲学文明论(哲学专攻，西洋古典学专攻，中国哲学专攻，中国文学专攻，印度文化学专攻)历史学，文化史学(日本史学专攻，东洋史学专攻，西洋史学专攻，美学美术史学专攻，考古学专攻)文学语言学(日本文学专攻，日本语学专攻，语言学专攻，英美文学专攻，法国文学专攻，德国文学专攻，英语学专攻)环境行动学(社会学专攻，心理学专攻，地理学专攻)
教育学部：生涯教育开发(教育社会史，教育行政学，社会教育学，技术教育学，职业教育学)学校教育信息(教育信息学，教育课程计划，教育方法学，教育经营学，学校环境学)国际社会文化(人类形成学，比较教育学，教育人类学，教育经济学)心理社会行动(心理计量学，教授学习心理学，
法学部：各种法律
经济学部：经济学科
信息文化学部
理学部：数学学科，物理学科，化学科，生命理学，地球行星科学
医学部：保健学科，基础医学科，社会医学科，临床医学科
工学部：化学 生物工学科，物理工学科，电气电子 信息工学科，机械航空工学科，社会环境工学科
农学部：生物环境科学科，资源生物科学科，应用生命科学科
研究生专业设置
文学研究科，教育发展科学研究科，法学研究科，经济学研究科，理学研究科，医学研究科，工学研究科，生命农学研究科，国际开发研究科，多元数理科学研究科，国际语言文化研究科，环境学研究科，信息科学研究科